小腹疼痛并且伴有褐色分泌物，比较常见的生理性原因是排卵期出血。女性在2次月经之间，下次月经来潮之前的14天左右是排卵期。排卵期由于激素水平影响，会出现有部分子宫内膜脱落，引起排卵期出血。排卵期出血时，阴道出血量比较少，持续3-5天会自然干净。由于排卵时，卵泡排出的过程中会造成卵泡液积聚在盆腹腔，刺激盆腔腹膜，而引起肛门坠胀感。卵泡破裂时，也会出现一侧下腹部隐痛，均为排卵期可能出现的现象。如果时间正处于排卵期，这种现象大多不需要特别处理。

导致月经间期出现有小腹疼痛，并有阴道少量出血的现象，还可能与子宫内膜息肉、子宫肌瘤等器质性病变有关。子宫内膜息肉由于位于宫腔内，会导致阴道不正常出血，表现为月经间期出血，或者2次月经之间出现阴道点滴出血，月经淋漓不尽的现象。子宫黏膜下肌瘤，也会出现有下腹部疼痛，伴有阴道出血的现象，可以通过超声检查进行鉴别。