如果疱疹性咽峡炎患者反复高烧，治疗原则是以对症支持疗法为主，因为疱疹性咽峡炎由肠道病毒感染引起，临床没有特效抗病毒药物。在发病48小时之内，可以使用干扰素雾化吸入或者是局部喷干扰素，能够快速将体内的病毒抑制，促进疾病愈合。
同时也要注意观察临床症状，如果持续高热不退，超过38.5℃以上，可以给予口服布洛芬或者是对乙酰氨基酚。如果体温不超过38.5℃，尽量以物理降温为主，比如多喝水，同时可以贴退热贴，用温水擦拭身体，重点擦拭额头、颈部两侧、腋下，大腿根部、腘窝、肘窝等大动脉走行的地方，也可以用温水泡澡。通常疱疹性咽峡炎具有一定的自限性，体温一般在2-4天可以逐渐下降，恢复至正常，而口腔疱疹一般在1周左右可以逐渐恢复正常。
