男性的生殖器疣主要分为几类情况，常见HPV感染可导致尖锐湿疣，对于尖锐湿疣可以应用腐蚀性的药物、冷冻、激光切除的办法尽早祛除。而比较难以处理的则是以下两种情况：

1、巨大的尖锐湿疣，不但处于包皮、龟头上，可能还处于肛周，所以这类尖锐湿疣的处理相对病程较长，治疗时比较复杂；

2、尿道口内的尖锐湿疣，处理可以选择冷冻、切除、药物腐蚀等办法，因为位置比较深，引起尿道狭窄的几率较大，所以要由专业的医生进行处理。

其它的外生殖器疣还包括普通的扁平疣以及病毒感染引起的疣，目前尚未将其定义为性传播疾病，如果出现此类情况，则可以通过电灼和冷冻的办法予以治疗。