在肾结石和肾囊肿发病之间，并没有直接的联系，二者的发病原因也不尽相同，因此治疗方法也不尽相同，主要如下：
1、肾囊肿：首先是＜4cm的肾囊肿，可以进行观察等待的治疗，而对于4cm以上的肾囊肿，可以选择针刺抽吸囊液并注射硬化剂。对于巨大的肾囊肿，即直径超过8cm、积水超过500mL者，可以进行手术的治疗。目前手术治疗的方法，推荐的是腹腔镜肾囊肿去顶减压术；
2、肾结石：其治疗方法较复杂，对于＜6cm的肾结石，可以观察等待，或者采用自行排石的处理。而对于较大的肾结石，根据结石所在的部位、梗阻的程度、结石的大小以及可能的质地，来选择体外冲击波碎石，输尿管镜、输尿管软镜的碎石，或者经皮肾镜的碎石，目前不太主张开放手术的碎石取石。
在结石所引起的问题当中，导致的是肾积水或者肾盏积水。而肾囊肿的发生通常是随着年龄进展，由于肾小管憩室的存在会逐步增加、增大，从而导致囊肿的发生。这是两个截然不同的疾病，也并没有相互的关联性。因此在治疗方法上，针对肾囊肿和肾结石，采用不同的处理方法。
