生殖器衣原体感染，医学上的全称是生殖道沙眼衣原体感染。多是由于生殖道感染特定的病原体，即沙眼衣原体所引起的一类性传播疾病。主要的感染部位对于女性患者是宫颈，如果有肛交也可以感染到直肠。男性患者主要是在尿道，具有肛交史的男性也可以感染在直肠。
目前对于生殖道沙眼衣原体感染主要是口服药物的治疗，国家推荐的指南是使用阿奇霉素进行单剂量的口服疗法。经过治疗之后，推荐患者3周以后需要进行病原学的判愈，就是要重新检测是否已经被治愈。如果患者仍然没有被治愈，可以采用二线的其它药物的疗法，具体的药物和剂量疗程需要咨询医生。