脊髓灰质炎发生以后，使肌肉萎缩的最大原因就在于脊髓灰质炎侵犯的是神经细胞。脊髓灰质炎病毒侵犯的是神经元细胞，而神经元细胞的主要功能，一是指挥肌肉的随意运动，二是调节肌肉的营养供应。如果神经元细胞坏死，不能指挥肌肉的活动，肌肉受不到刺激，自然发生萎缩。同时由于营养中断，自然肌肉得不到正常的营养供应，也会发生萎缩。
在患有脊髓灰质炎以后造成肌肉萎缩，完全因为其指挥系统出现问题，也就是指挥肌肉的神经细胞出了问题。在神经细胞坏死以后，不能再生。随着时间的延长，肌肉则得不到相应的神经刺激，也得不到必要的营养供应，就发生萎缩。
