滤泡性甲状腺肿瘤临床上较为少见，术前难以进行确诊。一般在术前通过超声引导下进行细针穿刺，然后进行病理细胞学诊断，判断肿瘤性质。以前没有彩超引导细针穿刺FNA技术之前，术前很难诊断滤泡性甲状腺肿瘤，现在技术不断发展，术前穿刺能确诊甲状腺滤泡性肿瘤。

因为甲状腺瘤滤泡性肿瘤的诊断非常困难，所以滤泡性肿瘤倾向于手术切除切除一侧甲状腺。甲状腺滤泡性肿瘤的后期病理诊断，是观察甲状腺肿瘤里有无血管侵犯、有无包膜侵犯，进而判断滤泡性肿瘤是恶性还是良性。