病毒性结膜炎通常需使用抗病毒的眼药水进行治疗，目前可以用阿昔洛韦眼药水、更昔洛韦眼药水或眼药膏，以及干扰素眼药水等，即通过局部的抗病毒药物，对病毒性结膜炎进行治疗。如果患者有全身发热症状，还要对全身进行抗病毒治疗。

病毒性结膜炎实际上也有较强烈的传染性，同时是一类自限性疾病，往往在发病前患者会有前期症状，在眼红、痛发生之后，分泌物呈水性。通过两种或两种以上的抗病毒眼药水联合治疗，都可以取得比较好的治疗效果。同时需注意，因为病毒性结膜炎有传染性，所以这类患者不能游泳，不可与他人毛巾、面盆混用等，需注意切断病毒性结膜炎的传播途径，以避免将其他人传染。