男性精子发黄并且呈果冻状，需要根据精子发黄的原因分析，选择相应的处理方式。如果是因患者长时间没有性生活，长时间不射精所导致的精液存积时间比较过长，进而出现精液发黄，属于正常的生理现象，通常不需要治疗，经过规律射精后，精液亦会恢复到正常颜色。

如果是病理因素所导致的精液发黄，如患有尿道炎、睾丸炎、前列腺炎等疾病导致，可以到医院进行精液分析、精液检测、前列腺液检，常规检查及精子囊B超等检查，进一步明确是否存在以上病因，然后针对病因采取相应的治疗措施，如尿道炎可以应用抗生素治疗。