厌氧菌是临床上比较常见致病菌，出现厌氧菌时首选硝基咪唑类抗生素，比如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等，此类药是专门针对厌氧菌的抗生素，临床上常用的某些广谱的抗生素，比如青霉素、头孢菌素、碳青霉烯类抗生素，也有一定的抗厌氧菌的效果，但并非专门针对厌氧菌，因此临床上出现厌氧菌感染时，首选硝基咪唑类抗生素。

临床上厌氧菌常常感染部位是牙龈、口腔、鼻窦以及腹腔、盆腔，发生感染时，由厌氧菌引起的可能性比较大，但也可能混杂有需氧菌，此时可以使用硝基咪唑类药物联合抗需氧菌的药物，进行联合治疗。