治疗支原体感染的常用药，主要包括一是喹诺酮类抗菌素，目前常用的是左氧氟沙星；二是阿奇霉素，属于大环内酯类抗菌素；三是四环素族多西环素，也是临床上支原体感染经常应用的药物。
泌尿外科中最常见的支原体感染是非淋菌性尿道炎，其他包括前列腺炎也可能是支原体感染引起。支原体感染通常要结合伴随症状处理，由于自然界有上百种支原体，仅十余种有致病性，正常寄生在人体内，不引起任何临床症状，若机体免疫力下降时，则可能造成症状。只有伴随症状的支原体感染才进行治疗，健康携带者则无需治疗。
支原体感染出现症状后，需在医生的指导下应用抗菌素治疗，常用药物包括左氧氟沙星、阿奇霉素和多西环素等，需早期发现，早期诊断，足剂量、足疗程应用。但治疗目的是以控制症状作主，并不追求杀灭支原体，而实际上也无法完全去除支原体。
