感染性心内膜炎的预后与所感染的细菌毒力强弱，与患者总体健康状况、相关的瓣膜结构，还有患者感染期是否发生充血性心力衰竭等因素都相关，具体分析如下：
1、金黄色葡萄球菌感染所导致的感染性心内膜炎，此类患者死亡率高达20%-40%；
2、链球菌感染所导致的感染性心内膜炎，患者预后相对比较好；
3、对于90%-95%的草绿色链球菌感染所导致的感染性心内膜炎患者，可以通过内科或外科治疗得到痊愈，其它种类的链球菌感染的感染性心内膜炎患者预后也比较好；
4、真菌导致的感染性心内膜炎患者预后相对较差，事实上可能没有真菌引起的感染性心内膜炎患者能单纯通过药物治疗得到治愈，少数患者通过抗感染治疗结合外科的方式可以得到治愈，但即便感染灶得到彻底清除，此类患者建议长期进行抗真菌治疗。
