大多数情况下，药物流产之后的副作用较小。药物流产通常使用的药物是米非司酮和米索前列醇。这两种药物，在药流的时候使用的剂量较小，导致副作用的可能性也比较小。但是在部分特殊情况下，有可能也会产生较严重的副作用，具体如下：
1、过敏：米索前列醇是一类前列腺素制剂，患者使用后有出现过敏的可能。可能会出现比较严重的过敏反应，如过敏性休克、喉头水肿，影响呼吸道，从而导致威胁生命的情况。所以在服用米索前列醇，通常建议要在医生观察的条件下去使用；
2、出血：在药物流产的过程中，有较多女性能够完全流干净，但是还有部分的女性，有可能会出现流产不全的情况，甚至有可能会出现大量的出血。当出现大量出血，需要做急诊的清宫手术。如果药物流产不全仅有少量出血，往往会采用先观察的方法。在观察期间，如果能够完全排出，也不会有明显的副作用。但是有部分患者，会出现有少量的残留，以及持续的少量出血，时间持续之后，有可能会导致出现盆腔炎，或者是生殖系统感染的几率会明显增加，有可能会对后续的生殖带来不良的影响。
