莲子芯最主要的作用是清心安神、交通心肾、涩精止血，能用于治疗心火旺引起的高热烦躁。在治疗瘟疫、高热、神昏谵语时，莲子芯可与犀牛角、水牛角、玄参、连翘等中药配伍使用。

莲子芯可以交通心肾，治疗高血压病，比如莲子芯可与远志、杜仲配伍，治疗高血压。莲子芯可以涩精，能治疗遗精。莲子芯能够止血，治疗血热出血时可与与玄参、麦冬、生地等药物配伍使用。

莲子芯药性苦寒，但没有太多的禁忌症，但脾胃虚寒的患者服用时注意进行配伍，注意减少用量。