男性同房后尿痛，可能与以下几种原因有关：
1、泌尿系感染：最常见于泌尿系感染，男性发生尿路感染，如发生尿道炎时，在同房后由于尿道黏膜水肿糜烂，精液射到后尿道后，会出现尿道疼痛症状；
2、尿道结石：男性发生后尿道结石时，在同房后会出现肉眼血尿症状，部分男性会出现尿痛症状；
3、前列腺炎：男性发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿糜烂，还会引起前列腺腺体炎性肿大，致病微生物还会波及输精管开口，引起输精管发炎。在射精后，由于输精管内大量致病微生物射入后尿道，会破坏后尿道黏膜，引起后尿道疼痛和后尿道不适症状。
男性出现上述症状时，应及时到泌尿外科就医，通过精液支原体、衣原体、真菌培养，可以找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，配合中成药物治疗，多数男性尿痛症状会明显好转。如做B超检查，可以判断有无后尿道结石。
