沙眼衣原体一般是通过接触传染到眼睛，尤其是在一些肮脏、垃圾、土壤之中，或者农作物表面，会有较多沙眼衣原体，由于人体触摸土壤，触摸外界沙石、灰等一些脏的东西后没有洗手，而去用手揉眼睛，就会导致沙眼衣原体感染到眼睛。

沙眼衣原体是介于病毒和细菌之间的一种微生物，生命力很强，对眼睛的致病是长期的，可能通过很多年的反复致病，会导致眼睛慢性感染，引起结膜充血、血管翳、乳头增生，包括角膜血管翳或者瘢痕的形成。透明的角膜由于瘢痕形成变得不透明，便容易致盲。

在上个世纪的六七十年代以前的广大农村，90%以上的人都会有沙眼。沙眼的感染可能伴随终生，从小孩开始，一直到七八十岁的老人，经过多年反复不断的感染，会导致角膜瘢痕化，不透明而产生致盲。

目前在城市里很少发现有沙眼衣原体感染的患者，可能是由于卫生条件提高、身体抵抗力提高，包括抑制沙眼衣原体的新的药物出现。