直肠炎大多为溃疡性直肠炎，治疗包括内科治疗和外科治疗。内科治疗目标是诱导并维持症状缓解以及黏膜愈合，防治并发症，改善生存质量。常用药物为氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂、抗生素等。氨基水杨酸制剂包括5-氨基水杨酸灌肠、栓剂和柳氮磺吡啶，用于轻中度溃疡性直肠炎的诱导缓解及维持治疗。糖皮质激素对急性发作存在良好疗效，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳的轻中度患者。中重度活动期患者可用氢化可的松琥珀酸钠或地塞米松加生理盐水进行保留灌肠，还可以使用布地奈德灌肠剂。

免疫抑制剂适用于5-氨基水杨酸维持治疗效果不佳，症状反复发作以及激素依赖者的维持治疗，由于起效慢，不作为急性期诱导治疗。还可以使用生物制剂例如英夫利昔单抗，抗生素治疗对一般病例并无指征，但对重度继发感染者应积极抗菌治疗，应用广谱抗生素静脉给药，同时应用甲硝唑，治疗厌氧菌感染较为有效。外科治疗手术指征包括中毒性巨结肠、大出血以及癌变。