脊髓脊膜膨出手术的预后并不理想，脊髓脊膜膨出是较严重的显性脊柱裂。由于膨出的硬脊膜囊内存在脊髓、神经根等组织，在硬脊膜囊局部膨出后，长期的冲击和压力作用下，脊髓和神经根可能发生变性。患者可能会出现不同程度的大小便失禁、双下肢的运动感觉障碍。

如果及时进行手术，有助于控制神经功能障碍的进展，避免神经功能障碍继续加重，但很多神经功能在手术后，也难以完全恢复正常，虽然部分神经功能，可以获得不同程度的恢复，但是很多数患者需要进行长期的康复治疗，甚至经过上述治疗后，患者的神经功能障碍也难以完全恢复。

部分患者会长期遗留大小便失禁等情况，还需要进行骶神经吻合术，或者骶神经刺激术等方法进行控制。对于脊髓脊膜膨出的患者，应该在诊断明确后，尽早接受手术治疗，有助于改善患者手术后的预后，尽可能避免神经功能障碍的进行性加重。