输尿管上段结石的治疗方法包括保守治疗、体外冲击波碎石、输尿管镜或者经皮肾镜的碎石等。输尿管上段结石的治疗是泌尿外科结石治疗的难点，因为结石移位的问题，输尿管上段结石很容易反流进入到肾脏内，增加处理的困难。

1、保守治疗：首先对于输尿管结石，如果结石＜0.6cm可以尝试保守治疗，可以予以止痛的药物和必要的排石药物来自行排石；

2、体外冲击波碎石：对于＜1cm的输尿管上段结石，首选的应当是体外冲击波碎石，经过碎石以后可以达到治疗结石的目的。超过1cm以上的结石也可以选择体外碎石；

3、输尿管镜或者经皮肾镜的碎石：超过1cm以上的结石也可以选择输尿管镜或者经皮肾镜的碎石，从目前看，对于输尿管上段结石的处理，一般用输尿管软镜的治疗效果比较好。输尿管硬镜传统上认为比较适合中下段结石，主要还是因为结石移位的问题。但技术的进步带来了新的材料，如阻石拦，用硬镜也可以尝试进行输尿管上段结石的碎石取石。对于1cm以上的结石，可以比较有把握的就是用输尿管软镜来进行治疗。输尿管软镜可以进入到肾盂腔内，即使结石发生移位也有手术的机会，通过将结石粉末化来完成碎石的治疗。

此外，如果输尿管上段结石合并有感染，尽量先引流尿液，待感染控制以后再进行结石的治疗，目前不太推荐开放的手术来进行结石的处理。