舌根疼痛通常为舌根部溃疡、囊肿或炎症等情况引起的舌根部反应。一般情况下，如牙齿有残根，经常刮磨舌部会引起舌部溃疡，比分特异性变异也可引起舌头溃疡。建议患者及时调磨尖锐的牙齿残根，少吃辛辣刺激食物，保持口腔清洁卫生，用生理盐水或者甲硝唑等漱口水对口腔的炎症进行控制，还要同时去除口腔内不合适的假牙颌残根，同时可服用维生素C，局部涂抹西瓜霜或云南白药，以治疗溃疡面。

此外舌根部疼痛还有可能考虑是咽喉部疼痛，主要是由于感冒引起，通常需要通过消炎、抗感染治疗，同时患者应注意多喝水，以促进毒素排泄，必要时可服用清热解毒药物治疗。