类风湿关节炎的发病机制还不是完全的清楚，但是目前病因为免疫机制的紊乱。在内因的基础下，患者朋友有一些免疫学遗传表型是阳性，比如HLA-DR式是相对明确的内因基础。外因的环境，比如感染，EB病毒或其他病毒的感染，会诱发体液免疫和细胞免疫的异常，就会产生类风湿因子、抗CCP等多种的自身抗体，所以免疫学异常是类风湿关节炎最重要的发病机制。体液免疫异常就会产生类风湿因子等很多自身抗体。产生APF抗核周因子、AKA抗角蛋白抗体、抗CCP抗体，以及抗MCV，即抗突变型的瓜氨酸蛋白抗体等。