治疗早期肛周脓肿的特效药，主要是抗生素药物，可以用抗厌氧菌的甲硝唑、奥硝唑，另外再加头孢类抗生素，如三代头孢、二代头孢，都可以，经常用的有头孢曲松、头孢唑肟等，加抗球菌和抗厌氧菌的药物，同时使用效果可能会更好。
口服可能没有输液效果那么好，所以如果是早期的肛周脓肿，一旦诊断明确，在脓肿还没有液化形成之前，又不便于做手术，这时候可以用消炎药，即应用抗生素药。局部还可以外敷一些中药，如活血、消肿中药，还可以进行局部热敷。
如果药物治疗效果不好，局部肿块增大，甚至有时会有液化、剧痛，部分患者还有发热的症状，这时就不能再用药物治疗，要及时进行手术治疗。
