5岁的孩子阴茎太小，要明确诊断，看孩子的阴茎是真的小，还是假的小，具体分析如下：

1、真的小：就是孩子的阴茎发育不良，是小阴茎即阴茎体发育不良，此部分孩子同时可能伴随有睾丸的发育不良。出现此种情况以后，可以用手去触摸孩子阴茎体，会发现阴茎体非常纤细，睾丸质地较软、比较小，发育不良。此时可以做彩超进行检查，有必要可以查孩子的雄激素，做头颅、垂体的磁共振，看孩子的垂体是否有问题、激素分泌是否有异常，可能还需要让小儿内分泌科医生进行处理；

2、假的小：就是孩子阴茎的外观像螺丝一样，或者是针尖一样。但是用手去触摸孩子阴茎体，发现孩子阴茎体发育还行，同时睾丸发育也正常，阴茎体只不过大部分埋藏于皮下，此类疾病就是典型的隐形阴茎表现。此种孩子可能需要进行手术矫正，因为孩子大了以后，阴茎短小可能影响孩子的心理，造成自卑。所以手术年龄一般放到3-6岁，通过手术充分游离阴茎体周围束缚的筋膜，将阴茎体从耻骨前方充分游离出来，然后可以同时做包皮口成型，给阴茎根部做固定，则显得阴茎恢复正常。并不影响以后孩子的正常发育，孩子心理上的自卑情绪得以矫正。

所以5岁的孩子阴茎小，要看是真的小，还是假的小。根据不同的诊断，进行处理和治疗。