鼻咽癌好发于鼻咽部，即鼻腔、口腔、咽腔之间，较为隐蔽，容量约15-30ml，其特别好发于鼻咽部的咽隐窝或咽后壁，此处在所有癌症中最为隐蔽，故决定了鼻咽癌的特点，正常人通常无法观察到，只有鼻咽镜或影像学检查方可观察到此部位。

此部位位于颅底，距离大脑、颈内动脉、咽隐窝、鼻腔和咽腔均比较近，故发病时不易被发现，且容易在另一个解剖区域出现症状，其最大特点是易被漏诊或误诊。儿童鼻咽癌也好发于此，但更多见于咽后壁和顶壁部。