巨乳头性结膜炎往往是由于细菌、病毒等病原体感染，刺激结膜产生超敏感的变态反应，进而导致较大的乳头呈鹅卵石状排列在结膜表面，使结膜表面失去原有的光滑程度，巨乳头性结膜炎病人往往感觉出现眼睛的异物感和不舒服的感觉。

所以要给予药物的治疗，让病人脱离致敏因素，比如是由于配戴隐形眼镜造成，就要停戴隐形眼镜。