先天性巨结肠治疗方法如下：

1、开腹手术，即切除病变段肠管，将正常的肠管接到下面。该手术是大手术，而且术后会影响患儿直肠功能，影响患儿肛门括约肌；

2、腹腔镜手术，即腔镜辅助下做该手术，达到微创效果。通常是在患者腹腔上打几个洞，经过肛门做手术。部分患儿病变段较短，甚至可以单纯经过肛门完成手术；特别是新生儿，1周岁不超过2周岁婴儿，这种患儿是普通型巨结肠，可以经过肛门完成手术。