膝关节囊肿范围较广，最常见的是腘窝囊肿，囊肿如果影响到膝关节功能活动，甚至引起症状，可以做局部囊肿切除，关闭形成囊口的裂口，消除囊肿的可能性。如果是膝关节周围，比如滑囊，鹅足滑囊或髌前形成囊肿，如果影响膝关节功能，可以做局部切除。如果不影响，可以通过休息、穿刺、注射消除囊肿。

如果以上治疗方法都不见效时，针对比较大的囊肿，影响关节功能和美观的囊肿，可以给病人做切除。不同部位的膝关节囊肿采取的措施可能不同，若是腘窝囊肿形成严重骨性关节炎，建议病人做人工全膝关节置换，同时去除囊肿，这样可以使病情得到很好的治疗。