房颤尽管是微创手术，通过股静脉穿刺把管子到心脏里面去做，但是因为毕竟是有创操作，要保证100%安全并不可能，但是概率非常低，穿刺的时候，穿刺股静脉有的时候穿刺到股动脉，血管也会出现并发症，如出血即穿刺的时候出现出血，然后管子在血管里面操作的时候可能造成了血管损伤，可能也会导致出血，真正的消融的地方是在心脏里面，所以在心脏里面操作的时候，如果因为各种各样的原因，手术操作也是一方面，或心脏里面本身某些地方就有非常薄弱的地方，在操作时会导致心脏破裂，心包填塞严重会有生命危险，但该概率非常低，还有心脏房颤消融，是在肺静脉跟心房之间消融。
如果消融的管子伸到肺静脉里面比较深的地方放电，就会导致肺静脉被损伤会造成肺静脉狭窄，有些病人会导致术后胸闷气促的情况，但这个概率更低。实际上平常讲的左房食道瘘，是因为要在心房后壁进行消融，食道跟心房的后壁靠得非常非常近，如果放电时间比较长顶的比较牢时，心房消融的同时把食道也损伤，损伤以后有时就会导致心房跟食道之间的瘘道，会出现左房食道瘘并发症，但总体来讲该发生率非常低， 1/10000都不到。