口腔反复溃疡目前无法根治，因为口腔反复溃疡主要是患有复发性口腔溃疡，特点是周期性反复发作。复发性口腔溃疡病因目前尚不明确，只是临床发现此疾病存在家族聚集性，与遗传可能有一定关系，通常家中可能会有多个人出现复发性口腔溃疡，但是病情严重程度有所差异。在大便干燥、意外咬伤和熬夜等情况下，溃疡容易复发。所以可以通过生活指导，尽可能增加复发间隔期，比如增加蔬菜、水果摄入，尽可能避免咬伤、熬夜。
如果溃疡特别严重，困扰生活，而且呈现疱疹样的大溃疡，累及范围较大，或者大溃疡长时间不愈合，可以选择药物治疗，比如糖皮质激素、沙利度胺以及左旋咪唑等免疫调节的药物。用药后可以增加复发间隔时间，比如延长为3个月或半年，但是具有一定副作用，且停药后可能会再次复发。如果偶尔出现口腔溃疡，则予以局部消炎、止疼，促进溃疡尽快愈合。
