接种任何疫苗都可能出现不良反应，手足口病疫苗接种后，也可能出现局部反应以及全身反应。局部反应主要表现出接种部位硬结、疼痛、肿胀、瘙痒等，多以轻度为主，持续时间往往不超过3天，可自行缓解。全身症状表现出发热、腹泻、食欲不振、恶心、呕吐、容易烦躁不安等，为一过性表现。

手足口病疫苗同其它疫苗一样，有疫苗特异性或接种者个体差异等因素，接种本疫苗人群不一定100%产生保护效果。引起手足口病的肠道病毒有很多种，EV71疫苗可刺激机体产生针对EV71病毒的免疫力，用于预防EV71感染所致的手足口病和相关疾病。但并不能够预防其它肠道病毒，包括常见的柯萨奇A组病毒，以及通用型肠道病毒等感染所致的手足口病。