肚子一到下午就疼痛的原因，主要如下：

1、自主神经功能紊乱：常与工作情绪或工作节奏有关，患者下午放松时，可能自主神经功能紊乱，从而引起肠功能紊乱，出现肠管痉挛性收缩，导致节律改变，而肠管正常收缩呈节律性，即3-5次/分钟，这种情况下肠管收缩失去节律，可以快速收缩，达到6-7次/分钟、7-8次/分钟，进而出现腹痛。一般给予纠正肠功能紊乱药物，如得舒特、援生力维，再补充益生菌，加强体育锻炼及户外活动可缓解症状；

2、腹部脏器病变：常见为小肠和大肠病变以及其他器质病变，如小肠炎性改变、克隆病、肠结核、溃疡性结肠炎，或结肠和直肠有肿瘤性病变等，这类情况下，患者需进行相关病变部位的检查，如结肠处行结肠镜检查。小肠通过消化道造影、腹部CT、小肠镜检查发现病变时，均需规范化治疗。