囊肿是否需要手术切除，取决于囊肿长在什么部位，常见部位有子宫和宫颈、外阴和阴道、卵巢等。如果是病理性的卵巢囊肿，则需要手术切除。

1、子宫和宫颈：长在子宫上的囊肿比较少见，一般考虑是肌瘤囊性变，也建议切除。如果是长在宫颈上的宫颈纳氏腺囊肿，则是正常的结构，许多人有，不建议做手术处理；

2、外阴和阴道：外阴和阴道的囊肿一般也建议切除，因为可能会继续发展、长大，虽然癌变概率很低，但是也有可能；

3、卵巢：最值得关注的是卵巢囊肿，因为这个最常见，卵巢囊肿还分为生理性的和病理性的。生理性质的就是卵巢在正常的月经周期时，形成滤泡囊肿、黄体囊肿，会随着月经而消失，一般都不会长得很大，这些囊肿不需要手术，不需要处理。病理性囊肿需要处理，包括上皮来源的、浆液性的、黏液性的，还有生殖细胞来源的畸胎瘤等。这些囊肿都建议切除，因为有一定的恶变概率，也会侵蚀卵巢越长越大，或者还有扭转、破裂的风险。此外，还有一种特殊类型的巧克力囊肿，因为也有一定的恶变概率，也建议手术切除。