非淋菌性的尿道炎主要的病原体，可以分为几大类，第一类即不是淋球的各种各样的细菌，第二类包括常有的就是处于细菌与病毒之间的病原体，如支原体、衣原体等，第三类可能见到的比较少，如一些病毒。
非淋球菌性尿道炎最常见的病原体还是细菌感染，此细菌种类囊括泌尿生殖系一些常见的非淋球菌，各种各样的细菌。
比如最常见的为一些胃肠道来源的细菌，如大肠埃希氏菌，还有肺炎克雷伯氏菌，甚至有时还会有一些绿脓杆菌、粪肠球菌等。这些都是比较常见的非淋球菌尿道炎的一些病原体。
此外，刚才提到的支原体、衣原体、沙眼衣原体，甚至解脲脲原体，还有比较少见的一些病毒感染引起，如疱疹病毒等。
