房间隔缺损和卵圆孔未闭在本质上有一定区别，在临床上有些相似之处，都是在房间隔位置上的孔洞样结构，但是房间隔缺损通常指在胎儿发育时期第一间隔、第二间隔存在发育不良、发育不全导致。而卵圆孔是在胎儿时期循环必须的通道，是右向左分流的通道，出生以后由于左心房压力增高，往往会导致卵圆孔闭合，如果不闭合，称为卵圆孔未闭。卵圆孔未闭也是一种缺损，但缺损是斜形。

在外科手术中，可以看到卵圆孔未闭和房间隔缺损的区别。如果从右房垂直角度直接看到左心房，通常称为房间隔缺损。如果从右房角度不能垂直看到左心房，通常称为卵圆孔未闭，这是两者区别。