磷霉素氨丁三醇散可能会引起腹泻，服用后偶尔会出现恶心、胃灼热、腹泻和皮疹等不良反应，腹泻发生率大约为10%，通常表现为轻微腹泻，无需特殊治疗可自行消退。长期服药后可能出现严重腹泻，如水样或血性腹泻，是因长期服药改变结肠正常菌群，造成肠道菌群失调，艰难梭菌过度生长，导致相关腹泻。

如果出现严重水样或血性腹泻，应及时就医，由医生决定是否停药或采取相关治疗。如果伴呕吐或脱水等症状，应补充电解质，可服用口服补液盐等药物。如果出现休克，应予以抗休克对症治疗，禁止使用导致肠蠕动的药物。日常可在医生指导下服用乳酸菌片调节肠道菌群，服药期间应忌生冷、辛辣和油腻食物。日常可以食用酸奶、奶酪、泡菜等，其中含有益生菌，可以有效调节肠道菌群。