严重烧伤合并真菌感染的治疗方法如下：

1、加强创面换药、清洁创面，必要时进行手术清创，去除真菌感染的创面，并用干净、清洁、促进愈合及抗菌的敷料覆盖创面；

2、严重烧伤合并真菌感染可能是创面合并真菌感染、大量应用抗生素的过程中引起二次感染、胃肠系统感染，所以在全身情况允许的条件下使用抗真菌药物进行治疗，具体药物则包括大扶康、卡泊芬净。