小儿肠套叠发病机理是肠管蠕动异常，即肠管进入后面的肠管引起套叠，可能是因为小孩腹泻引起肠管蠕动异常。有些肠管跑得快，有些跑的慢，前面跑的快就套进后面的肠管，引起肠套叠。

一般发病年龄是4-10个月的儿童，婴幼儿特别是春秋季节交换时容易发生。因为小儿肠管发育是回盲部游离度较大，所以肠管容易蠕动异常。肠管进入后面引起套叠，也是肠套叠发病的一个原因。