巧克力囊肿有可能会自行消失，主要发生在女性妊娠以后。巧克力囊肿指子宫内膜异位囊肿，是由陈旧经血在卵巢内逐渐聚集，从而形成囊肿。囊肿里每次月经来潮都会有经血灌注，造成囊肿逐渐长大，甚至发生破裂。

怀孕后，由于激素水平影响，女性无月经来潮，卵巢囊肿不会受长期经血刺激，就不会造成子宫卵巢巧克力囊肿长大。少量积血可能会逐渐被囊皮吸收，因此巧克力囊肿有可能自行消失。尤其是妊娠和哺乳期较长的女性，喂奶时间越长，巧克力囊肿消失可能性会更大。但是对于未消失或者较大的巧克力囊肿，一定要进行密切随访观察。