刚出生的新生儿心肌酶高，一般由以下原因引起的，具体如下：

1、缺氧：最常见，因为在生产过程中，新生儿很容易出现缺氧状态，在生之前或围产期的这一段时间，都很容易出现。产道挤压的过程都可能会出现心肌受到损伤以及缺氧的情况，这是新生儿心肌酶增高的一个最常见的原因；

2、宫内感染：刚出生的新生儿心肌酶高是由于宫内感染所引起来。新生儿出现心肌炎或心肌受损的情况导致心肌酶高，这是与宫内感染有一定关系，尤其是一些病毒感染，如巨细胞病毒、EB病毒等嗜心肌病毒，这些对心脏比较容易损伤的病毒。如果是在宫内有感染，新生儿的心肌酶也会增高；

3、代谢性疾病：因为新生儿会有一些先天性代谢病，本身对心肌的能量代谢有影响，比如甲基丙胺酸血症、甲状腺功能低下，导致心肌容易受到损伤，从而引起心肌酶增高。

总之，刚出生的新生儿心肌酶增高都提示心肌有损伤、心肌细胞有破坏，应该积极进行处理。