龟头起水泡的最主要原因是生殖器疱疹，生殖器疱疹是疱疹病毒2型引起的疾病，疾病感染到生殖器后会导致生殖器疱疹。生殖器疱疹的特点，如在龟头、包皮、阴茎体上或者在女性外阴，起水疱，水疱往往多发且表现为水状，水疱起来后过几天会破溃，水疱之间会融合，这时患者会表现烧灼、疼痛感。
通常生殖性疱疹可能会反复发作，每次发作时间持续约在1周，1周可能会完全自愈，如果身体抵抗力下降或者情绪不佳时还会再复发。如果化验经过医生诊断，确实诊断为生殖期疱疹，应该用药治疗，目前主要是使用抗病毒药物治疗。