腘窝囊肿术后疼痛一般较轻，不会很痛，患者无需过于担心。目前腘窝囊肿手术分为两种方法，包括传统切开手术以及关节镜下腘窝囊肿切除。传统切除手术造成的切口较大，可以达到6-8cm。但腘窝囊肿位置较为表浅，没有涉及到关节内部，所以将皮肤切开以后进行皮下分离，基本可以切除腘窝囊肿。手术以后疼痛仅限于皮肤切口，而皮肤切口疼痛程度一般较轻，大部分患者可以耐受，不会产生明显不适。

关节镜下腘窝囊肿切除术造成的切口较小，一般通过2-3个0.5cm左右的切口，即可完成腘窝囊肿切除。不但不会进入关节引起深部疼痛，小切口导致的疼痛基本可以忽略。