房间隔缺损手术位置在心脏房间隔处，即右心房和左心房之间的隔膜。切口通常采用胸骨正中切口、右腋下或右外侧小切口建立体外循环，通过右心房找到房间隔缺损处进行修补。

还有一种治疗方法是采用微创治疗方法，也叫介入方法，是通过穿刺大静脉将导丝送至右心房房间隔缺损处，通过导管将心脏封堵器送至右心房，将封堵器释放，封闭房间隔缺口。