抹藿香正气水不治脚气，脚气即脚癣或者足癣，是由皮肤癣菌感染脚部皮肤所引起的一种常见的真菌性皮肤病，主要表现为脚部因为真菌感染而引起的炎症反应，如红斑、丘疹、水疱、脱屑、瘙痒等。治疗脚气比较对症的药物是抗真菌药，外用药如达克宁乳膏、美克、兰美抒乳膏等，对脚气有确切疗效。严重的还可以考虑口服如伊曲康唑、特比萘芬等安全、有效的抗真菌药物。
藿香正气水是中成药，主要治疗外感风寒、内伤食滞的胃肠型感冒，功效是解表化湿、理气和中，成分包括苍术、陈皮、厚朴、白芷、广藿香油、脂树叶油等，辅料以酒精为主。用藿香正气水治脚气不对症，因为其中的成分没有抑制皮肤癣菌、治疗脚气的功效。有时局部抹藿香正气水之后，由于含有挥发性的油剂、乙醇等，可能会起到清凉止痒、缓解症状的作用，但并没有杀菌作用。
