生殖道支原体感染，主要是非淋菌性尿道炎和支原体引起的前列腺炎，这类感染大多数情况下是性接触传播。在非淋菌性尿道炎的治疗上，首选抗生素治疗，目前推荐多西环素、阿奇霉素和左氧氟沙星，要足剂量、足疗程治疗，性伴侣同时接受治疗。

支原体导致的前列腺炎，要通过必要的病原学检测，进行合理的用药，但是用药周期仍然存在争议，用药周期比较长，治愈率可达到50%左右。如果单一的抗生素治疗效果不好，还可以使用综合性疗法，必要的时候进行尿道内灌药治疗。支原体引起的生殖道感染，大多数情况下可以治愈，只有极少数会出现反复和迁延不愈。