真性菌尿诊断标准为尿细菌培养，尤其清洁的中段尿经细菌培养后，如果是大肠埃希菌且菌落计数>10⁵，即可诊断为真性菌尿。若通过2次不同时间段的细菌培养，培养出的细菌是同一个菌种且计数均>10⁵，即可诊断为真性菌尿，女性患者清洁中段尿中大肠埃希菌>10⁵，对尿路感染诊断的准确率>90%，若男性患者>10⁵也可诊断为真性菌尿。男性患者>10⁴存在尿路感染的可能，若培养出来的细菌是球菌，且菌数>10⁴可诊断为真性菌尿。

正常人尿液呈现无菌，因此做尿细菌培养时应尽可能避免或防止尿液被细菌污染，一旦被细菌污染，得到结果可能不准确，因此在收集标本时应注意充分消毒。女性患者需充分使用肥皂水冲洗外阴或尿道外口，同时使用碘伏或新洁尔灭充分消毒，消毒后用棉签或无菌纱布将尿道外口擦拭干净，再留取10-15mL的清洁中段尿作为细菌培养的尿液。男性患者需充分翻开包皮，充分消毒和冲洗后再留取尿液。经过细菌培养，若菌种计数>10⁵，女性若为大肠埃希菌即可诊断为真性菌尿，男性若为球菌>10⁴也可诊断为真性菌尿。