肾囊肿为良性疾病，多数情况下无需治疗。如果为多发性囊肿，囊肿囊腔较大、直径在＞5cm且有破裂风险时，患者需积极治疗，以外科治疗为主。患者可选择泌尿外科进行相关治疗，比如手术或将囊液抽出后注射硬化剂使肾囊肿不再生长。

若肾皮质较薄，且经过检测患者的肾脏功能基本消失，此种情况下可将肾脏全部切除，但需寻求专业的泌尿外科医生帮助。