感染性中耳炎有多种病原体，不同病原体有不同的首选治疗药物。故中耳炎的治疗首先应明确病因，再进行针对性治疗。

细菌引起的急性中耳炎，首选药物是大剂量的阿莫西林，如果存在青霉素的轻度过敏，可选择口服头孢菌素，如头孢地尼、头孢呋辛酯等。

病毒和细菌的混合感染亦很常见，病情较单纯细菌感染者更为严重，治疗反应也较差。某些肺炎支原体下呼吸道感染患者可合并中耳炎。

另外，6个月以下婴儿急性中耳炎，也可能由一种叫做沙眼衣原体的病原体感染所导致。念珠菌属和曲霉菌感染，可以见于免疫缺陷患者、慢性化脓性中耳炎患者。

病毒性上呼吸道感染可以合并轻度中耳炎表现，通常不需使用抗菌药物。但如果中耳炎表现为急性起病的耳部疼痛、听力下降、发热、鼓膜充血，鼓膜穿孔伴黄色渗液，则应考虑是急性细菌性中耳炎，需要给予抗菌药物进行治疗。

头孢克肟用于治疗细菌性中耳炎时，保证足够的疗程，以达到减少复发的目的。当头孢克肟所用剂量相同时，口服混悬液的血药浓度较口服片剂高25%-50%，所以中耳炎宜选用混悬剂治疗。