绝大部分的急性胃肠炎不需要通过手术治疗，仅通过内科的保守治疗，如补液纠正酸碱平衡的紊乱、纠正电解质的紊乱，如果是细菌感染引起，则需使用抗生素等，多数病人可以得到较好的治疗效果。但也有特殊的急性胃肠炎，如急性坏死性肠炎，因为严重的细菌感染，可以引起黏膜的坏死，严重的可以引起肠穿孔，发生急性腹膜炎，所以就需要通过外科手术来解决问题。

外科手术通常对病人的打击巨大，因为在急性的病情过程中，容易发生感染性休克，所以医生需要在纠正感染性休克的情况下做手术。手术将坏死的肠道切掉，再做吻合术，最后情况控制好以后，再做第二次回纳手术。手术虽然少见，但一旦进行，都是创伤巨大的手术。