甲沟炎分为急性甲沟炎和慢性甲沟炎，急性甲沟炎发病时间比较短，出现化脓、红、肿、热、痛，这是感染的表现，通常是细菌性，所以用抗细菌的药膏，如夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏或莫匹罗星软膏，对甲沟炎有抗细菌作用。还有一种慢性甲沟炎，其为一种局部由真菌、念珠菌定植引起的疾病，另外由刺激物导致。

慢性甲沟炎时间较长，这时用抗细菌的药膏效果不佳，以上几个药膏效果都不佳，这时要到医院来检查判断是否为真菌性甲沟炎，若是需加抗真菌药物，如果是慢性刺激性的甲沟炎，要加激素类药物，用复方制剂来治疗。严重时甲沟炎可以口服药物，尤其急性甲沟炎严重时可以吃抗生素，再严重时还可以拔指甲引流，再配合外用和口服药物治疗。