ERCP手术副作用实际上是术后并发症，ERCP术后主要并发症包括出血、穿孔、重症胰腺炎、感染，这是四个主要并发症。其中前三个并发症若很厉害，都具有致命性，为最严重的并发症。ERCP总体来说安全性很高，有死亡率，但是百分比不会很高，有可能是千分之零点几，最高有可能达到2‰。

好多医生跟患者说ERCP手术是小手术，是微创手术，实际上并不是小手术，其具有一定手术风险，而且在手术级别里属于四级手术，四级手术指手术技术难度和风险最高的手术。术后最严重的并发症即出血、穿孔和重症胰腺炎，这三条属于致命性并发症。

各个并发症都有处理办法，若出血，首选内镜下治疗。若内镜下不能进行有效治疗，可介入下治疗。若介入下不能进行有效治疗，最后即外科开腹治疗，但其具有反复发生的问题，几乎99%术后出血都能在内镜下治疗，达到止血效果。另外，穿孔，现在内镜水平提高后穿孔可进行内镜下修补。重症胰腺炎，现在药物、各种方法都可以治疗重症胰腺炎，其死亡率也是逐年下降，总死亡率还是在2‰以下。